新一代测序文库制备

什么是下一代测序(NGS)?

链终止测序，或桑格测序，彻底改变了生物学研究，使研究人员第一次确定基因组序列。下一代测序(NGS)是指用于研究与疾病或其他生物学研究相关的遗传变异的高通量、大规模并行测序技术。

这些技术根据测序读取长度(短读或长读)进行分类，该长度与NGS仪器上使用的试剂直接对应。短读测序技术包括:合成测序、离子半导体测序、结扎测序和焦磷酸测序。相比之下，产生长测序reads的NGS技术由单分子实时测序和纳米孔测序组成。

评估NGS库的质量

自NGS平台引入以来，DNA测序已经迅速发展。然而，成功的测序取决于高质量NGS库的开发和使用——这是NGS工作流程中的关键准备步骤。一个典型的NGS文库由剪切到平均大小的目标DNA组成，这些目标DNA经过了针对文库制备试剂盒和测序平台的进一步酶处理。多种类型的NGS文库准备试剂盒可用于不同的测序平台和应用程序。

与任何遗传分析应用程序类似，NGS工作流程需要从高质量的DNA开始实验，并在整个工作流程的特定点检查样本完整性。例如，在库准备之后和NGS分析之前检查样本完整性将增强对生成结果的信心。

NGS库质量可以通过确保池中的库片段具有预期的大小来评估，并且库的浓度足以产生稳健的结果。对于试图以这种方式评估决定因素质量的实验室来说，传统的手工方法(如琼脂糖凝胶电泳)可能费时费力。然而，安捷伦NGS雷竞技raybet解决方案有助于实现自动化，并提供高精度和灵敏度。

提供准确的、可重复的结果

无论使用哪种NGS技术，都需要一个可靠的核酸质量控制过程，以帮助确保准确和可重复的结果。雷竞技raybet安捷伦已将几种仪器和各种试剂包汇编成一个扩展自动化电泳组合，旨在满足NGS不断发展的需求。而这些仪器，包括生物分析仪，片段分析仪，TapeStation,飞飞脉冲系统，都是为核酸的QC设计的，它们在吞吐量、灵敏度、速度和分辨率方面都有不同的优势。无论需求是来自NGS平台还是来自样品类型，安捷伦都有QC解决方案。雷竞技raybet

短内容排序

短读测序平台，顾名思义，使用平均大小较小的NGS文库，一般在150 - 600 bp之间。它们被广泛用于小突变的诊断。

众所周知，短读测序可提供深度覆盖，已被用于无数生物的基因组从头组装。然而，成功的测序需要流动细胞的最佳负载，反过来又需要精确确定平均文库大小和浓度，以进行摩尔浓度计算。

安捷伦科雷竞技raybet技公司的自动化电泳仪器通过对短读NGS文库涂片进行自信的定量、鉴定和分级，帮助确保成功测序。例如:

• •提供精确的分析评估的各种样本类型生物分析仪系统它与多种套件兼容，涵盖了从25到12,000 bp的不同尺寸范围。
• 的片段分析器系统提供许多套件，其中三个套件专门用于大小从1到6,000 bp的短读库。
• 从低到高的吞吐量TapeStation系统根据测定方法的不同，提供高达1000或5000 bp的快速运行时间。
• 的飞飞脉冲系统是短读NGS库浓度低或样本守恒至关重要的情况下的理想选择。

短读测序提供了许多子应用程序，以解决具有挑战性的样本类型和独特的问题。不同类型的短读测序文库可以识别表观遗传区域，减少无pcr文库测序文库的偏倚，加深对基因表达的理解。

ChiP-Seq

染色质免疫沉淀测序(ChIP-seq)提供了蛋白质-DNA相互作用的关键信息，将NGS应用于涉及蛋白质结合的基因组DNA区域。典型的ChIP-seq工作流程是资源密集型的，在文库构建过程中需要高浓度的样品作为关键的QC检查点，这限制了ChIP-seq应用于丰富的细胞类型。

敏感的自动化电泳仪器减轻了这一限制，极大地减少了质量控制分析所需的样品数量。成功量化ChIP-seq库:

• 的高灵敏度DNA试剂盒用于2100生物分析仪系统
• 的HS NGS片段试剂盒使用片段分析器系统
• 的D1000化验用于TapeStation系统

PCR-Free库

许多NGS文库构建方案至少需要一个PCR扩增步骤，以确保有足够的材料以足够的浓度构建文库。虽然扩增步骤是有效的，但经常会在测序库中引入偏差和错误。无pcr库消除了扩增步骤，减少了NGS库构建中的误差和偏差。有问题的是，无pcr库的浓度通常很低，以至于NGS库QC的遗留方法无法确定库的大小、量化和限定。

的飞飞脉冲系统为无pcr库的评估提供了必要的灵敏度。该试剂盒能够对无pcr文库进行快速准确的QC分析，为研究人员提供他们需要的结果。

小RNA文库

小rna参与许多重要的生物过程，特别是基因表达。小RNA测序为研究人员提供了对这些过程的进一步了解。由于小的涂片尺寸和狭窄的涂片范围，由小RNA制成的测序文库提出了新的QC挑战。

的精度分辨率2100年生物分析仪和片段分析器系统通过精确分析小RNA NGS文库来缓解问题。在下面的示例中，使用HS小片段试剂盒对于片段分析仪系统，研究人员可以轻松准确地大小，量化和鉴定小RNA NGS文库。

短读测序库的推荐分析方法

2100生物分析仪系统	碎片分析器系统	TapeStation系统	飞飞脉冲系统
高灵敏度DNA试剂盒 (p / n, 5067 - 4626年)	NGS片段试剂盒 (p / n dnf - 473)	D1000筛带试验 5067 - 5582 (p / n而且 5067 - 5583年)	超灵敏度NGS试剂盒 (p / n fp - 1101)
也可以用:	HS NGS片段试剂盒 (p / n dnf - 474)	D5000 screenentape检测 5067 - 5588 (p / n而且 5067 - 5589年)
DNA 1000试剂盒 (p / n, 5067 - 1504年)	HS小片段试剂盒 (dnf - 477)	高灵敏度D1000筛带试验 5067 - 5584 (p / n而且 5067 - 5585年)
DNA 7500试剂盒 (p / n, 5067 - 1506年)		高灵敏度D5000屏带检测 5067 - 5592 (p / n而且 5067 - 5593年)
DNA 12000试剂盒 (p / n, 5067 - 1508年)

读测序

长读测序文库由20 - 40kb的片段组成，在获取遗传信息时具有很大的价值和实用性。通过对这些长DNA片段进行测序，研究人员能够更深入地了解基因组结构。

雷竞技raybet安捷伦的样本QC解决方案使研究人员能够评估大的DNA片段，包括输入基因组DNA和长读测序库，以帮助确保可靠的NGS结果。

• •量化，限定，和大小DNA和RNA样本与飞飞脉冲系统．基因组DNA 165 kb试剂盒(p / n fp - 1002)提供优化的脉冲场分离方法，提高样品分辨率达165 kb。
• •使用两种试剂试剂盒中的任何一种对核酸进行可靠的QC片段分析器系统是可用的:大片段工具包(p / n dnf - 492)通过20 kb和HS大片段50 kb套件提供可靠的大小(p / n dnf - 464)提供精确的大小和定量的大DNA片段通过60 kb。
• 的TapeStation系统通过Genomic DNA screenentape检测，在不到2分钟的时间内对每个样品进行高达60,000 bp的快速分析5067 - 5365 (p / n而且5067 - 5366年)．

解决方案的准确，多功能的DNA样本分析

在核酸质量控制分析方法中，安捷伦自动电泳仪器提供了准确和通用的DNA样本分析。雷竞技raybetBioanalyzer, Fragment Analyzer, TapeStation和Femto Pulse系统提供可变吞吐量，高灵敏度检测，以及在任何类型的NGS工作流程中可靠的核酸QC的宽尺寸范围。

仪器	零件号(s)	试剂名称	大小范围	量化范围*
2100生物分析仪系统	5067 - 4626	高灵敏度DNA试剂盒	50 ~ 7000 bp	片段:5 ~ 500 pg/µL 涂片:0.1 ~ 10 ng/µL
	5067 - 1504	DNA 1000试剂盒	25 ~ 1000 bp	0.5 ~ 50 ng/µL
	5067 - 1506	DNA 7500试剂盒	100 ~ 7500 bp	0.5 ~ 50 ng/µL
	5067 - 1508	DNA 12000试剂盒	100 ~ 12000 bp	0.5 ~ 50 ng/µL
片段分析器系统	dnf - 473 - 0500 dnf - 473 - 1000	NGS片段试剂盒	100 ~ 6000 bp	片段:0.1 ~ 10 ng/µL 涂片:5 ~ 100 ng/µL
	dnf - 474 - 0500 dnf - 474 - 1000	HS NGS片段试剂盒	100 ~ 6000 bp	片段:5 ~ 500 pg/µL 涂片:50 ~ 5000 pg/µL
	dnf - 477 - 0500 dnf - 477 - 1000	HS小片段试剂盒	50 ~ 1500 bp	片段:5 ~ 500 pg/µL> 涂片:100 ~ 5000 pg/µL
	dnf - 464 - 0500	HS大片段50 kb试剂盒	75 ~ 50000 bp	碎片:5 ~ 600 pg/µL 涂片:50 pg/µL至5 ng/µL
	dnf - 492 - 0500 dnf - 492 - 1000	大片段试剂盒	50 ~ 20000 bp	片段:0.1 ~ 10 ng/µL 涂片:5 ~ 100 ng/µL
TapeStation系统	5067 - 5582(ScreenTape) 5067 - 5583(试剂)	D1000 ScreenTape	35 ~ 1000 bp	片段:0.1 ~ 50 ng/µL 涂片:5 ~ 100 ng/µL
	5067 - 5584(ScreenTape) 5067 - 5585(试剂)	高灵敏度D1000屏幕胶带	35 ~ 1000 bp	碎片:10 ~ 1000pg /µL 涂片:0.5 ~ 15 ng/µL
	5067 - 5588(ScreenTape) 5067 - 5589(试剂)	D5000 ScreenTape	100 ~ 5000 bp	0.1 ~ 50 ng/µL
	5067 - 5592(ScreenTape) 5067 - 5593(试剂)	高灵敏度D5000屏幕胶带	100 ~ 5000 bp	10 ~ 1000 pg/µL
	5067 - 5565(ScreenTape) 5067 - 5566(试剂)	基因组DNA屏带	200至> 60000 bp	10 ~ 100 ng/µL
飞飞脉冲系统	fp - 1101 - 0275	超灵敏度NGS试剂盒	100 ~ 6000 bp	片段:0.05 ~ 5 pg/µL 涂片:5 ~ 250 pg/µL
	fp - 1002 - 0275	基因组DNA 165 kb试剂盒	1.3至165kb	碎片:0.3 ~ 30 pg/µL 涂片:5 ~ 500 pg/µL

NGS申请须知

安捷伦HS小片段试剂盒与安捷伦HS 雷竞技raybetNGS片段试剂盒在安捷伦5200片段分析系统上的比较

安捷伦片雷竞技raybet段分析仪配备了短或超短阵列提供一致的大小和定量的gDNA涂片。

使用安捷伦自动化电泳解决方案的Magnis SureSelect XT HS工作流程的质量控制雷竞技raybet

安捷伦4雷竞技raybet150 TapeStation系统通过安捷伦magnnis NGS Prep系统上的SureSelect XT HS目标富集和下一代测序(NGS)库制备工作流的各个步骤执行可靠的样品质量控制(QC)。

系统生物学组学分析中下一代测序的监测库准备

评估安捷伦4150 TapeStat雷竞技raybetion系统，使用ScreenTape法监测外显子组和转录组文库制备，用于系统生物学组学分析。

安捷伦NGS解决方案中的样品质量控制雷竞技raybet

本应用说明说明并演示了两个自动化电泳平台- TapeStation和Bioanalyzer系统-在安捷伦NGS产品组合的各个QC检查点的效用雷竞技raybet

使用TapeStation系统对工作流进行排序

本应用说明描述了由德国癌症研究中心(DKFZ)基因组学和蛋白质组学核心设施提供的各种Illumina下一代测序(NGS)工作流程中的质量控制(QC)步骤。